北京蛋白质组研究中心成立于2004年，2005年正式迁入中关村生命科学园。中心由军事医学科学院、中国科学院、中国医学科学院、清华大学、北京大学、江中集团及北京生物技术和新医药产业促进中心共同发起组建，主要从事蛋白质组学科学研究、学术交流、技术服务和科研成果转化等业务。 实验室构建了一支院士领衔、海外归国高级人才支撑、青年骨干为主体的结构合理的优秀科研团队，已建成蛋白质表达谱、修饰谱、翻译后修饰、相互作用、多肽组、抗体工程、生物信息学、功能蛋白质组、功能基因组、蛋白质组新技术和蛋白质工程等10余个研究室和技术平台。 到目前为止，已经发展成为国际人类肝脏蛋白质组计划执行总部，国家蛋白质组学研究基地，蛋白质组学国家重点实验室，国家技术转移示范机构，中关村开放实验室，首都科技条件平台成员单位，被昌平区授予科技创新优秀科研机构奖，并于2006年10月通过了中国合格评定国家认可委员会实验室认可审核。现在，正与军事医学科学院共同建设国家蛋白质科学基础设施-北京基地“国家蛋白质科学中心-北京（凤凰工程）”,发挥引领和推动我国蛋白质组学研究及其相关产业的快速发展的作用。 经过几年发展，实验室服务范围遍及中国30个省市自治区，而且还延伸至美国等国家和地区，服务客户已经达到了260多家，包括科研院所、高校、医院、生物医药公司等单位。

实验室构建了一支院士领衔、海外归国高级人才支撑、青年骨干为主体的结构合理的优秀科研团队，已建成蛋白质表达谱、修饰谱、翻译后修饰、相互作用、多肽组、抗体工程、生物信息学、功能蛋白质组、功能基因组、蛋白质组新技术和蛋白质工程等10余个研究室和技术平台。