农业部生物质工程中心的近期目标是：构建开放式农业部生物质工程中心平台，加强农业生物质技术研究与工程集成，在固化成型、燃烧、沼气、燃料乙醇、生物质材料等方面的关键技术研究和装备开发方面取得突破性进展，创新一批具有自主知识产权的技术和产品；推广一批先进的生物质工程技术；建成一批生物质产业化示范工程；开展我国农业生物质资源现状调查，初步查清我国农业生物质资源的拥有量和分布情况，建立农业生物质资源数据库，促进我国农业生物质产业的形成与发展。 中远期目标包括：全面推进生物质工程科技创新，在生物质能源转化和材料利用等方面达到国际先进水平，部分技术达到国际领先水平，增强我国农业生物质产业的国际竞争力；提高生物质能和产品在能源消费中的比重，通过生物质利用解决农村生活燃料短缺问题；基本实现农业废弃物的资源化利用，促进我国生态环境保护和社会经济的可持续发展。

研究提出生物质产业规划，开展生物质技术研究、开发及技术集成与成果中试转化，组织生物质技术交流、培训与示范推广、信息服务等。