蛋白质组学技术实验室是中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究平台的五个专业技术实验室之一。蛋白质组学技术实验室始建于2004年。经过平台一期（2004-2006）、平台二期（2007-2009）、生物大分子国家重点实验室仪器购置项目（2013）和国家修购项目（2014-2016）的大力支持下，蛋白质组学技术实验室获得了快速的发展。目前实验室已拥有基质辅助激光解吸附电离高分辨飞行时间质谱 ( New ultrafleXtreme MALDI-TOF-TOF-MS)、二维液相色谱-线性离子阱质谱联用仪（2D-LC-LTQ-MS/MS）、二维液相色谱-线性离子阱-轨道阱高分辨质谱联用系统（2D-LC-LTQ-Orbitrap MS/MS）、二维液相色谱-四级杆-时间飞行质谱（2D-LC-Q-TOF-MS/MS）、液相色谱-三重四级杆串联质谱（LC-QQQ-MS/MS）、液相色谱-四极杆-轨道阱高分辨质谱联用系统（LC-Q Exactive MS/MS）、液相色谱-三重四级杆时间飞行串联质谱联用系统（LC-Triple-TOF MS/MS）、气相色谱-三重四级杆串联质谱联用系统(GC-QQQ-MS/MS）、高效毛细管电泳仪等大型仪器设备，以及高效液相色谱系统、多维高效液相色谱系统、逆流色谱仪、双向电泳系统、凝胶扫描成像系统和离心浓缩仪等用于样品处理和制备的辅助设备。基于上述仪器设备已先后建成了基于双向电泳-基质辅助激光解吸附电离时间飞行质谱 (MALDI-TOF-MS)的蛋白质和多肽鉴定系统、基于差异荧光双向电泳-基质辅助激光解吸附电离时间飞行质谱 (DIGE/MALDI-TOF-MS) 比较蛋白质组学技术方法、基于多维液相色谱-串联质谱的多维蛋白质鉴定系统（即MudPIT或Shotgun proteomics）、基于稳定同位素标记（SILAC、iTRAQ和TMT）的定量（比较）蛋白质组学技术方法、无标记的定量（比较）蛋白质组学技术平台、低丰度蛋白质样品的分离和鉴定技术方法、膜蛋白质组学和亚细胞器（如质膜、线粒体、囊泡、脂滴等）蛋白质组学技术方法、蛋白质翻译后修饰（磷酸化、糖基化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、泛素化、丙二酰化等修饰）分析鉴定技术方法、基于化学衍生化和稳定同位素标记的定量（比较）磷脂组学新方法等。以上技术方法主要用于：①结构生物学研究中的重要蛋白质或蛋白质复合物中各亚基的组成鉴定、可能存在的翻译后修饰的分析；②血浆、尿液和唾液等复杂临床生物样本中疾病相关的潜在低丰度蛋白质生物标志物的发现、分离与鉴定；③疾病（如肿瘤、心脑血管疾病、糖尿病等）早期诊断、发病进程、预后确证和分子分型相关的潜在蛋白质、多肽和代谢物生物标志物的发现、鉴定与大样本临床验证；④细胞分化、生物发育、正常生理过程或疾病发生过程中蛋白质组动态变化分析；⑤膜蛋白质组学和亚细胞器（线粒体、脂滴、质膜、囊泡、外泌体等）蛋白质组学应用研究；⑥重要生理过程或疾病相关的蛋白质翻译后修饰（磷酸化、糖基化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、泛素化、丙二酰化等修饰）的分析、鉴定与比较分析；⑦肿瘤多药耐药的分子机制研究；⑧药物作用靶点的筛选与鉴定；⑨蛋白质（如抗体等）、多肽药物的质量控制方法的建立应用；⑩不同生物样本中脂质（主要是磷脂等）的定性与定量分析。 蛋白质组学技术实验室不断完善自己的科研服务队伍建设，目前形成了一支由首席技术专家、高级工程师和工程师组成的技术支撑和方法学研究队伍。目前蛋白质组学技术实验室主任由杨福全研究员担任，负责蛋白质组学技术实验室的学科发展、仪器和技术布局和日常管理工作。蛋白质组学技术实验室的技术支撑队伍具有多学科交叉（化学、生物、计算机和生物信息学等）的背景，负责蛋白质组学技术实验室的对外技术咨询、服务和开展蛋白质组学、脂质组学等的方法学研究等，该队伍分成了蛋白质和蛋白质复合物的鉴定（丁翔、谢振声、薛鹏、牛丽丽）、蛋白质组学（王继峰、薛鹏）和生物信息学（吴鹏）、蛋白质翻译后修饰分析与鉴定或修饰组学（丁翔、谢振声、薛鹏、王继峰）、小分子分析与代谢组学（朱娜丽）和样品制备小组（张朦朦）等。 蛋白质组学技术实验室经过12年的发展已经具有一定规模，所建立的低丰度蛋白质复合物鉴定、定量（比较）蛋白质组学技术以及部分蛋白质翻译后修饰分析技术日趋成熟，而且目前又拓展到脂质组学新技术、新方法研究与应用。已经为北京及其周边地区的科研工作提供了重要的技术支撑，完成了大量的样品分析。已经提供了技术支撑的科研成果和方法学研究成果及其应用已发表在Nature，Science，PNAS，Cell Research, Mol Cell Proteomics, Theranostics, J. Proteome Res., J. Lipid Res., Proteomics, Anal. Chem., PNAS, Sci. Rep., Biophys Rep., Nucleic Acids Res.等一系列国际一流或本专业权威期刊上。 蛋白质组学技术和代谢组学等组学技术已经成为生命科学研究中不可或缺的关键技术。蛋白质组学技术实验室未来的发展目标是进一步加强技术支撑队伍建设，力争建成一支脚踏实地、积极进取、敢于挑战、技术精湛的创新型技术支撑队伍；不断提升技术服务水平和科研支撑实力，积极开展新技术、新方法研究与应用，广泛开展合作研究，并力争成为国内外一流的蛋白质组学和质谱技术实验室；进一步将现代分离技术、质谱技术、化学衍生化和稳定同位素标记技术，以及生物信息学有机结合，集成和发展高通量、高灵敏度的蛋白质和多肽分析鉴定技术、蛋白质组学技术、修饰组学技术和代谢组学技术等。将面向生物物理所和国家的“十三五“发展战略和规划，大力开展卓有成效的技术支撑和服务。

蛋白质组学技术实验室不断完善自己的科研服务队伍建设，目前形成了一支由首席技术专家、高级工程师和工程师组成的技术支撑和方法学研究队伍。目前蛋白质组学技术实验室主任由杨福全研究员担任，负责蛋白质组学技术实验室的学科发展、仪器和技术布局和日常管理工作。蛋白质组学技术实验室的技术支撑队伍具有多学科交叉（化学、生物、计算机和生物信息学等）的背景，负责蛋白质组学技术实验室的对外技术咨询、服务和开展蛋白质组学、脂质组学等的方法学研究等，该队伍分成了蛋白质和蛋白质复合物的鉴定（丁翔、谢振声、薛鹏、牛丽丽）、蛋白质组学（王继峰、薛鹏）和生物信息学（吴鹏）、蛋白质翻译后修饰分析与鉴定或修饰组学（丁翔、谢振声、薛鹏、王继峰）、小分子分析与代谢组学（朱娜丽）和样品制备小组（张朦朦）等。